【一般水垢】對付一般水垢可於隨心煮蛋器加熱底座倒入少量以蒸餾水稀釋的白醋，浸泡約 30 分鐘，然後小心用水沖洗乾淨便可。

【頑固水垢】若遇上較頑固的水垢，建議使用檸檬酸進行深層清潔：1) 煮蛋器注入蒸餾水(或過濾水)，水位剛蓋過加熱盤(約為半個小量杯份量)，然後加入一小匙檸檬酸，啟動煮蛋器加熱約5分鐘，倒出污水。2) 重新注入清水，再次加熱約5分鐘後，倒掉污水並用乾布輕輕擦拭即可。

註：檸檬酸可於一般家品店選購，通常標示為「熱水壺清潔粉」或類似名稱。